主人公の『守谷賢護（もりやけんご）』は、特別変わったところもない、一見するとごく普通の学生。ある日、クラスに女の転校生がやってくる。『神原未影（かみはらみかげ）』。仏頂面で、明らかに周囲に馴染めない転校生。しかし、賢護はちょっとしたきっかけから彼女とよく話すようになる。ある日、いつものように周囲の奇異の視線を適当に流しながら未影と軽口を叩き合っていると、クラスメイトが大慌てで飛び込んでくる。『おい、学院から人間が消えてるぞ！』調査した結果、なぜかこのクラス以外の人間が消滅していることが判明する。クラス委員長で賢護の友人である達也は、混乱するクラスメイト達をまとめながら、ちょうど日直だった賢護と未影に学院内の探査を命じる。その結果、なぜか学院から一歩も出ることができないと判明し、完全に世界から孤立した状態にあることを知る。不可思議な閉鎖空間に、学院と共に取り残された賢護とクラスメイト達。忍び寄る不安は、彼らを段々狂気へと導いていく。