主人公・鳴海孝之は、白陵大付属柊学園3年生。卒業が間近に迫っても進路を決めることができず、漠然とした焦りを感じながらも日々を流されるままに生きていた。ある日、クラスメイトであり女友達でもある速瀬水月から、親友の平慎二とともに夏祭りに誘われ、水月の親友である涼宮遙を紹介される。その彼女は、以前に見かけたことがあった内気な女の子だった。何かと遙を3人の輪に加えようとする水月の努力もあって、遙と好意的に接しようする孝之だったが、なぜか遙は孝之を避けようとするため、苛立ちを募らせる。後日、学園裏の丘に呼び出された孝之は、そこで待っていた遙に、好きだと告白される。内気な彼女の勇気を振り絞った一言に抗えず、流されるまま付き合い始めてしまう。予想通り、ギクシャクしてしまう遙との会話。しかし時が経つにつれ、次第に2人の距離も縮まっていった。そして、いつしか遙のひたむきさに打たれ、孝之も彼女を純粋に愛するようになっていった。そんなある日……